La estructura de la Fundación está basada en Programas, cada uno en su ámbito, mediante los que se desarrollan los diferentes proyectos; y cuenta con los siguientes órganos para su dirección y gobierno:
El Patronato
Órgano supremo de gobierno, administración y representación. Sus funciones fundamentales son el establecimiento de las líneas generales de actuación y la aprobación de los planes, los programas, los presupuestos y las cuentas de la FGUCLM.
Presidente
D. JOSÉ JULIÁN GARDE LÓPEZ-BREA
Secretaria
Dª. ISABEL GALLEGO CÓRCOLES
Vocales
D. FELIX SANZ ROLDAN
Dª. REBECA RUBIO RIVERA
Dª. ÁNGELA GONZÁLEZ MORENO
D. SANTIAGO GUTIÉRREZ BRONCANO
D. RAÚL MARTÍN MARTÍN
D. FRANCISCO JOSÉ SÁEZ MARTÍNEZ
D. CÉSAR SÁNCHEZ MELÉNDEZ
D. TOMÁS LÓPEZ MORAGA
D. JESÚS BÁRCENAS LOPEZ
Dª. LUIS GARCÍA MONTERO
D. JESÚS ESTEBAN ORTEGA
El Consejo Ejecutivo
Órgano colegiado que ejerce por delegación del Patronato las facultades de gestión ordinaria, a excepción de las indelegables legalmente.
Presidente
Vice Presidente
D. FRANCISCO JOSÉ SÁEZ MARTÍNEZ
Vocales
D. TOMÁS LÓPEZ MORAGA
Dª. ANGELA GONZÁLEZ MORENO